Polícia Militar Ambiental: Desde a nossa fundação, trabalhamos em parceria com a Polícia Militar Ambiental. O CETAS iniciou com o trabalho da Polícia Ambiental e a R3 foi criada para dar auxílio na reabilitação de animais selvagens.
IMA: Em 2014 o Estado assumiu a gestão da fauna, sendo o IMA a instituição responsável. A parceria surgiu com a gestão do CETAS e Trilha do Rio Vermelho no Parque Estadual do Rio Vermelho, unidade de conservação gerida pelo IMA. Atualmente nosso trabalho é realizado no Centro de Pesquisa e Reabilitação de Animais Marinhos (CePRAM), também no Parque Estadual do Rio Vermelho.
ICMBio: Somos membros do Conselho Consultivo da Área de Proteção da Baleia Franca (APABF) desde 2006, além de integrante da Equipe de Coordenação de Atendimento a Encalhes. A R3 participa também da Rede de Encalhes de Animais Aquáticos da Região Sul e do Brasil (REMASUL/REMAB) coordenado pelo CMA/ICMBio, atuando na área de pesquisa e atendimento aos encalhes. Em conjunto com o CEMAVE/ICMBio faz parte da equipe dos projetos de pesquisa em aves marinhas, com autorização SISBIO (Sistema de Autorização e Informação em Biodiversidade) e SNA (Sistema Nacional de Anilhamento): Monitoramento da Avifauna da Estação Ecológica de Carijós e Aves marinhas em Santa Catarina – avaliação sanitária e populacional.
Projeto Albatroz: O Projeto Albatroz é a instituição referência nacional na conservação de albatrozes e petréis, ela coordena o Banco de Amostras de Albatrozes e Petréis- BAAP que tem a R3 como colaborador. Amostras congeladas de Procellariiformes são armazenadas em ultrafreezers no CePRAM.
LAPCOM-FMVZ-USP: A R3 colabora desde o ano de 2002 com o LAPCOM em diversos projetos desenvolvidos por estudantes de graduação e pós-graduação.
UFSC: Projetos de pesquisa são realizados em cooperação com o Departamento de Ecologia da UFSC, Laboratório de Crustáceos e Plâncton e Laboratório de Mamíferos Aquáticos da Universidade Federal de Santa Catarina (LAMAQ-UFSC). Os esqueletos de mamíferos marinhos resgatados pelo PMP são encaminhados ao LAMAQ e tombados em sua coleção científica. Também são realizados projetos de pesquisa em parceria com o Laboratório de Virologia Ambiental (LVA)-UFSC, visando o diagnóstico de enfermidades virais em animais marinhos.