Desde o ano de 2009 a R3 Animal faz parte da equipe de coordenação do Protocolo de Antendimento a Encallhes e Emalhes da APA da Baleia Franca, além da APABF/ICMBio fazem parte também deste prococolo o Instituto Australis, UDESC, UNESC, Polícia Militar Ambiental, Marinha do Brasil, Corpo de Bombeiros. O objetivo do Protocolo é garantir atendimento aos encalhes de animais vivos ou mortos no território da Unidade de Conservação